鲋鹤的历史可以追溯到伴随着徳川幕府的时代，日本迎来明治维新新时代的1870年。创业者田中鹤三郎创办了以河鱼「鲋」也就是鲫鱼为主食材的料理店，店铺命名取了他的头文字，定为「鲋鹤」。

1922年店铺搬迁至现今的地址，鲋鹤以此为契机成长为一家大规模的料亭旅馆。当年京都市内几乎没有2层以上的建筑物，而这里兴建的则是3层的木造结构。因为需要采纳特殊的建筑技术，专门聘请了有建设神社经验的工匠们，花费了3年的时间顺利建成。

鲋鹤的建成无疑改写了京都料亭文化的历史。自古以来，日本就有边欣赏庭园景色边享受美味佳肴的文化，为此无数的料亭店铺不断攀比如何营造更完美的庭园。但是，鲋鹤没有庭园，有的是窗外优雅流淌的鸭川和对岸连绵不断的东山山景。宾客们不是来欣赏精致的小庭园而是边欣赏东山美景边享受美食佳肴。在当时，作为一家料亭旅馆，这里真可谓是气魄雄伟。

其后，从日本各地慕名而来的旅客们络绎不绝。1934年新建了5层结构的新馆，其后又先后经历了两次扩建。鲋鹤举办的500人规模的宴会创下了当时的记录。作为现存于鸭川沿岸并拥有悠久历史的大规模建筑物，2012年鲋鹤因其毋容置疑的历史价值和艺术价值被日本文化厅注册为登录物质性文化遗产（建筑物）（日语：登记有形文化财（建筑物））。拥有140年悠久历史的鲋鹤，时至今日仍作为京都的骄傲而广受爱戴并被用于各类宴会和结婚典礼等仪式。